Malcolm Bilson è stato all'avanguardia della "historically informed performance practice" per oltre 25 anni. Le sue esecuzioni di Haydn, Mozart e Beethoven su strumenti d'epoca hanno contribuito in modo fondamentale a restituire il fortepiano alle scene concertistiche e alle incisioni dei capolavori del classicismo.

Ha registrato i Concerti di Mozart con John Eliot Gardiner e gli English Baroque Soloists (DG), le opere per pianoforte a quattro mani di Schubert con Robert Levin (DG), le Sonate di Mozart per la Hungaroton, le Sonate per violino e pianoforte dello stesso autore con Sergio Luca per la Nonesuch e le Sonate per violoncello e pianoforte di Beethoven con Anner Bylsma. È attualmente impegnato nell'incisione dell'integrale delle Sonate di Schubert.

Oltre a un fitto calendario di impegni concertistici (con l'Academy of Ancient Music e Christopher Hogwood, l'Orchestre Révolutionnaire et Romantique e Sir John Eliot Gardiner, la Philharmonia Baroque e Nicholas McGegan e molti altri) Malcolm Bilson si dedica con passione all'insegnamento e tiene corsi di perfezionamento in tutto il mondo. Detiene attualmente la cattedra di Musica alla prestigiosa Cornell University di New York, e ha tenuto corsi e masterclasses all'Università di California, alla Juilliard School di New York, all'Accademia Sibelius di Helsinki, all'Accademia Franz Liszt di Budapest, a Stoccolma, Oslo, Tokyo, Gerusalemme, in Nuova Zelanda, Italia ecc. È inoltre Professore alla Eastman School of Music a Rochester, New York. Nel 1991 gli è stata conferita una laurea Honoris Causa dal rinomato Bard College.

Hanno riscosso un successo particolare le sue esecuzioni, insieme a ex-allievi e amici musicisti, dell'integrale delle Sonate di Beethoven su strumenti d'epoca. Nel 2002 ha eseguito nuovamente questa rara versione del ciclo beethoveniano per gli Amici della Musica di Cefalù a Palermo.